Теория целочисленных уравнений (диофантовых уравнений) находит применение в разных областях науки и техники, среди них:

• Молекулярная физика и органическая химия. 1
• Системы цифровой подписи и шифрования. 1
• Экономика и теория вероятностей. 1
• Инженерия и биология. 23

Также некоторые диофантовы уравнения с двумя и тремя неизвестными возникли в связи с проблемами, возникшими в астрономии, например, при рассмотрении вопросов, связанных с определением периодического повторения небесных явлений. 5