Батометры в наше время применяются в следующих областях науки и промышленности:

• Океанография. 34 Батометры — основные приборы для получения проб воды в океанографических, лимнологических и гидробиологических экспедициях. 4
• Исследования воды. 14 Батометры используют как вспомогательное оборудование при изучении физико-химических свойств и состава воды, наличия в ней органических включений (планктона, микробентоса), а также содержания неорганических или органических примесей. 1
• Контроль загрязнения окружающей среды. 2 Батометры применяют при работах, связанных с контролем загрязнения окружающей среды и качеством вод в источниках водопользования. 2
• Отлов беспозвоночных. 45 Например, батометр Руттнера действует по принципу вакуумного захвата и используется для отлова беспозвоночных при помощи всасывания с использованием давления воды. 45