Целочисленные уравнения применяются в следующих областях математики:

• Теоретико-числовые задачи. 2 Многие из них могут быть сведены к решению уравнений в целых числах. 2 Например, такого рода задачи входят в контрольно-измерительные материалы ЕГЭ по математике профильного уровня. 2
• Решение логических задач. 5 Ограничения на значения переменных в виде целых или натуральных чисел возникают, когда говорят о количестве чего-либо. 5

Также целочисленные уравнения используются в курсе внеурочной деятельности по математике, например, в рамках курса «Уравнения в целых числах». 2 Его цель — углубить и расширить математический кругозор обучающихся, развить логическое мышление и творческие способности. 2

Ещё целочисленные уравнения встречаются на математических олимпиадах различного ранга. 2