Матрицы инцидентности используются в теории графов при работе с графами в памяти компьютера. 5
Также матрицы инцидентности применяют в моделировании процессов, например, в автоматизированном определении последовательности сборки изделий. 4 В таком случае матрица инцидентности отображает связи между деталями и последовательность сборки. 4