Магнетит обычно встречается в следующих геологических формациях:

• Магматические горные породы. 35 В них магнетит обычно наблюдается в виде вкрапленности. 3
• Контактово-метасоматические образования. 35 В них магнетит часто играет существенную роль, сопровождаясь гранатами, пироксенами, хлоритами, сульфидами, кальцитом и другими минералами. 5
• Пегматиты. 35 В незначительных количествах магнетит присутствует во многих пегматитах в парагенезисе с биотитом, сфеном, апатитом и другими минералами. 5
• Гидротермальные месторождения. 3 Как спутник магнетит встречается в гидротермальных месторождениях, главным образом в ассоциации с сульфидами. 3
• Осадочные породы. 2 Магнетит встречается в осадочных породах, включая образования полосчатого железа, а также в озёрных и морских отложениях как в виде обломочных зёрен, так и в виде магнитофоссилий. 2