Грибки Penicillium можно обнаружить в разных экосистемах, так как они широко распространены в мире. 12 Некоторые места, где встречаются представители этого рода:

• Почва. 12 Разнообразие пенициллов максимальное в почвах пустошей и пойменных лесов, минимально — в почвах пустынь и тундр. 1
• Растения. 12 Пенициллы часто поражают плоды растений, например яблони, груши, цитрусовых. 12
• Пищевые продукты. 12 Многие виды рода — почвенные обитатели, которые попадают на пищевые продукты только в качестве загрязнителей. 1 Для других видов пищевые продукты являются наиболее обычным субстратом для развития. 1
• Воздух. 15 Споры пенициллов могут содержаться в воздухе как во внешней среде, так и внутри помещений. 4
• Моря. 1

Некоторые виды Penicillium встречаются только в определённых группах биогеоценозов. 1 Например, Penicillium restrictum — стабильный индикатор почв травянистых сообществ по всему миру, а Penicillium montanense и P. lagena обычны в хвойных и хвойно-широколиственных лесах. 1