Экологические ниши обитания эубактерий разнообразны:

• Фототрофные эубактерии встречаются во льдах и горячих источниках с температурой до 70–80 °С, обитают в пресных водоёмах разного типа, морях и океанах, в почвах и пустынях. 1 Некоторые могут расти в водоёмах на глубине до 20–30 м. 1
• Пурпурные и зелёные бактерии часто развиваются в водоёмах под плотным поверхностным слоем, состоящим из цианобактерий и водорослей. 12
• Пурпурные серобактерии и зелёные серобактерии часто сосуществуют вместе в освещённых анаэробных водных средах (пресных или солёных), богатых сульфидом. 1
• Зелёные нитчатые бактерии Chloroflexus aurantiacus обитают в нейтральных и щелочных горячих источниках с температурой от 45 до 75 °С, где условия, как правило, микроаэробные. 1

Также эубактерии входят в состав нормальной микрофлоры кишечника человека. 5