Возможности флуоресцентной микроскопии заключаются в следующем:

• Визуализация структуры клеток и тканей, изучение их физиологии, функций и поведения. 3 Флуоресцентная микроскопия позволяет выделять отдельные белки с высокой степенью специфичности среди нефлуоресцирующего материала. 3

• Высокая чувствительность. 3 Чтобы обнаружить вещество, достаточно всего его 50 молекул на кубический микрометр. 3

• Возможность окрашивания разных молекул разными цветами. 3 Это позволяет отслеживать одновременно несколько типов молекул. 3

• Наблюдение за внутренней микроструктурой клеток и даже небольших организмов, причём не только фиксированных, но и живых. 1

• Применение в различных областях, например, в микробиологии для диагностики заболеваний, определения поражённости семян и растений болезнями, определения содержания органических веществ в почве. 3 В геологии — для анализа горных пород, изучения состава нефти, минералов, структуры горных пород. 3

• Выявление дефектов поверхностей и решение других задач в материаловедении. 4

Флуоресцентная микроскопия широко применяется в медико-биологических областях и в материаловедении. 14