В чем заключаются различия между санитарной микробиологией и обычной микробиологией?

Возможно, имелись в виду различия между санитарной микробиологией и общей микробиологией.

Общая микробиология изучает закономерности строения и жизнедеятельности микроорганизмов на всех уровнях: молекулярном, клеточном, популяционном, а также их генетику и взаимоотношения с окружающей средой. dep_bio.pnzgu.ru Общая микробиология занимается неболезнетворными (непатогенными) микроорганизмами, их распространением, систематикой, метаболизмом, экологией и т. д.. multiurok.ru

Санитарная микробиология — часть медицинской микробиологии. multiurok.ru Она изучает микрофлору окружающей среды (воды, воздуха, почвы, продуктов питания и предметов обихода) и вызываемые их жизнедеятельностью процессы, которые косвенно или непосредственно оказывают влияние на здоровье людей и окружающую среду. portal.astu.org

Таким образом, различие заключается в предметах изучения: общая микробиология фокусируется на общих закономерностях, а санитарная микробиология — на специфическом круге вопросов, связанных с влиянием микроорганизмов на здоровье человека и окружающую среду.