Различия между прототрофными и ауксотрофными микроорганизмами заключаются в их способности синтезировать необходимые питательные вещества. 1

Прототрофы могут синтезировать все необходимые питательные вещества самостоятельно. 1 Они не требуют для своего развития готовых витаминов, аминокислот или других факторов роста, а синтезируют их из минеральных или органических соединений. 6

Ауксотрофы не способны самостоятельно вырабатывать определённые жизненно важные соединения. 1 Из-за мутаций или генетических изменений они утратили эту способность. 1 В результате ауксотрофам требуются добавки с определёнными питательными веществами или факторами роста, которые они не могут вырабатывать самостоятельно. 1

Таким образом, прототрофы самодостаточны в синтезе питательных веществ, а ауксотрофы зависят от внешних добавок. 1