Некоторые различия между морской и пресноводной альгологией:

• Биохимическое отличие. 5 У морских водорослей концентрация органических веществ (сахаров, спиртов и аминокислот) в цитоплазме клеток существенно выше, чем у пресноводных водорослей. 5 Это связано с тем, что в морской воде концентрация солей выше, чем в пресной, и чтобы компенсировать осмотическое давление среды, морские водоросли накапливают органические вещества. 5
• Запасные вещества. 3 У морских динофитовых водорослей запасным веществом чаще являются липиды, а у пресноводных — крахмал. 3

Кроме того, для водорослей, обитающих в океанах, морях и пресноводных водоёмах, характерны разные условия среды, например, ослабление освещённости и изменение спектрального состава света с глубиной, широкий диапазон солёности и движение воды. 4