Некоторые различия между конфокальной и просвечивающей электронной микроскопией:

Конфокальная микроскопия позволяет получать послойное изображение исследуемых объектов с субмикрометровым разрешением по глубине. 3 С помощью последовательной перефокусировки можно исследовать препарат «по слоям» и с помощью компьютера собрать из них трёхмерное изображение. 5 В конфокальном микроскопе используется точечный источник света и маленькая диафрагма, расположенная в оптически сопряжённой плоскости перед приёмником света, чтобы исключить информацию от частей препарата, расположенных не в фокусе. 5

Просвечивающая электронная микроскопия (трансмиссионная) используется для исследования образцов, через которые могут проходить электроны. 4 Поэтому образцы должны быть тонкими (менее 100 нанометров). 4 Изображение создаётся в результате прохождения пучка электронов через образец и их взаимодействия. 4 Поскольку просвечивающие микроскопы отображают только внешнюю часть образца, они обеспечивают более низкое разрешение изображения, чем конфокальные. 4