Различия между физическими и генетическими картами заключаются в подходе к картированию генома. 2

Физические карты представляют собой графическое представление порядка следования физических маркеров (фрагментов молекулы ДНК), расстояние между которыми определяется в парах нуклеотидов. 7 Для их построения используют методы молекулярной биологии. 2

Генетические карты — это схема взаимного расположения и относительных расстояний между генами определённых хромосом, находящихся в одной группе сцепления. 7 Для их создания применяют генетические методы, которые включают гибридологические эксперименты и изучение родословных. 12

Таким образом, расстояния на генетических картах основаны на информации о генетических связях, в то время как физические карты отражают реальные физические расстояния, обычно измеряемые в количестве пар оснований. 27