Различия между арогенезом и аллогенезом в эволюции заключаются в следующем:

1. Арогенез — путь развития группы организмов, характеризующийся повышением уровня морфофизиологической организации, освоением новой среды обитания. 1 Приводит к появлению крупных систематических групп — царств, отделов (типов), классов. 4
2. Аллогенез — путь развития группы организмов, связанный с развитием частных приспособлений к окружающей среде, при этом уровень организации остаётся прежним. 1 Благодаря аллогенезу живые организмы приспосабливаются к конкретным внешним условиям, занимая в своей среде обитания разнообразные экологические ниши. 4

Таким образом, арогенез направлен на глобальную перестройку структуры и функционирования организма, в то время как аллогенез предполагает мелкие эволюционные изменения, не изменяющие общий уровень организации. 4