Преимущества тандемной масс-спектрометрии перед другими методами диагностики метаболических нарушений заключаются в следующем:

• Возможность анализировать сложные смеси. 1 Метод позволяет фокусироваться на исходных ионах с выбранным отношением массы к заряду и регулировать условия фрагментации для получения уникального масс-спектра вещества. 1
• Одновременное определение следовых количеств нескольких десятков метаболитов в одном образце за анализ, длящийся несколько минут. 1
• Простота пробоподготовки. 2 В некоторых случаях разделение может происходить в самом масс-спектрометре, минуя стадию ВЭЖХ, что упрощает конфигурацию оборудования. 1
• Высокая пропускная способность. 2 Это экономически выгодно для скрининга на большое число заболеваний. 2
• Минимальная потребность в вспомогательных реагентах для анализа. 3

Чувствительность и специфичность метода могут достигать 99% и 99,995% соответственно для большинства аминокислотных нарушений, органических ацидемий и дефектов окисления жирных кислот. 3