Некоторые преимущества современных методов генетического картирования перед классическими:

• Более точное определение расстояния между генами. 3 При современных методах расстояние измеряется в тысячах пар нуклеотидов и соответствует физическому. 3
• Возможность анализировать рекомбинации, произошедшие за разные времена. 1 В отличие от традиционного генетического картирования, где для каждой семьи выявляются рекомбинации, произошедшие в течение нескольких мейозов, при современных методах анализируются рекомбинации, случившиеся за времена, сравнимые со временем жизни мутации в популяции. 1 Это позволяет значительно повысить разрешающую способность метода. 1
• Идентификация относительного положения генов на основе их фенотипического эффекта. 2 Это даёт возможность точно определить, в какой хромосоме содержится тот или иной ген и где он находится в конкретной хромосоме. 2