Преимущества сканирующего туннельного микроскопа (СТМ) перед оптическим заключаются в следующем:

• Уникальное разрешение. 1 СТМ позволяет проводить исследования на атомном уровне. 1
• Возможность работать в различных средах. 13 В отличие от электронных микроскопов других типов, СТМ может работать на воздухе и даже в жидкой среде. 1
• Возможность выявлять особенности кристаллического строения поверхности различных материалов, её шероховатость с нанометровым разрешением. 1
• Возможность получать спектр электронных состояний с атомным разрешением и определять химический состав поверхностного слоя. 1
• Возможность наблюдать закономерности зародышеобразования при выращивании плёнок, изучать вирусы, молекулы ДНК и т. д.. 1