Преимущества молекулярно-цитогенетических исследований по сравнению с традиционными методами цитогенетики заключаются в следующем:

• Более высокая чувствительность. 12 Молекулярная цитогенетика позволяет обнаруживать субмикроскопические хромосомные аномалии, которые не диагностируются с помощью стандартного цитогенетического анализа. 12
• Возможность анализировать множество функционально значимых участков ДНК одновременно. 1 Это даёт большую разрешающую способность в сравнении с обычной цитогенетикой. 1
• Более высокая скорость и автоматизация некоторых процессов. 4
• Сосредоточенность на стабильных генетических изменениях, способных запустить процесс канцерогенеза. 4
• Возможность определения отклонений в неделящихся клетках. 4