Преимущества метода Эдмана для анализа пептидных последовательностей:

• Высокая чувствительность. 5 Метод способен секвенировать пептиды в количестве менее 0,1 нмоль с точностью более 99%. 5
• Возможность многократного использования в одной и той же пробе. 4
• Автоматизация процесса. 23 Процесс ступенчатого расщепления пептида с N-конца реализован в приборе — секвенаторе. 3

Однако у метода есть и недостатки: он не работает, если N-конец белка химически модифицирован, и, как правило, бесполезен для определения положения дисульфидных мостиков. 2 Также пептиды, секвенируемые таким образом, не могут содержать более 50–60 остатков (а на практике менее 30). 2