Преимущества клонового отбора перед традиционным индивидуальным отбором заключаются в следующем:

• Возможность сохранить исходные свойства материнских растений в течение длительного времени. 3 Образование клонов позволяет каждому растению иметь однородное потомство, повторять себя в своих потомках без изменения наследственных качеств. 3
• Эффективное средство генетического анализа и оценки селекционного качества отобранных объектов. 5 Клоновый отбор служит средством выявления среди группы испытываемых объектов лучших экземпляров. 5
• Повышение урожайности и качества продукции. 13 Например, за 2–3 года отбора клубней от лучших кустов урожай картофеля может вырасти на 30–50%. 3
• Возможность получить посадочный материал, свободный от вирусных болезней и бактериального рака. 1 Это достигается путём выделения и размножения клонов, свободных от вирусных инфекций. 1