Некоторые преимущества кладистики перед другими методами биологической систематики:

• Фокус на эволюции, а не на сходстве между видами. 1 Кладистика создаёт диаграммы (кладограммы), которые представляют эволюционное древо жизни. 1
• Возможность поддерживать сложные и глубокие деревья. 1 Особенно это важно, когда рассматриваются вымершие виды. 1
• Применение к разным организмам, независимо от эволюционного механизма. 1 Кладистика применима ко всем организмам, а не только к тем, которые эволюционировали по унаследованным признакам. 1
• Использование данных секвенирования ДНК и РНК. 1 Это позволяет проводить более точные исследования. 1
• Возможность использовать кладистику в других дисциплинах. 15 Например, для организации групп предметов в областях, где есть характеристики, которые можно идентифицировать и измерить. 1
• Воспроизводимость результатов. 3 Кладистика разработала эффективную методологию кладогенетических реконструкций, что делает возможным повторение исследований. 3