Преимущества гомозиготных организмов в селекции растений заключаются в стабильности признаков. 3 Например, если выведен замечательный во всех отношениях сорт, то будет цениться его гомозиготность. 3

Недостатки гомозиготных организмов могут быть связаны с тем, что при самоопылении могут фенотипически проявиться неблагоприятные воздействия рецессивных генов. 4 Также переход многих генов в гомозиготное состояние часто приводит к тому, что гибриды имеют сниженную выживаемость, малую урожайность и плодовитость. 4

Преимущества гетерозиготных организмов в селекции растений заключаются в разнообразии признаков генов, которые при скрещивании могут дать в результате более качественный организм, чем оба «родителя» по отдельности. 3 Например, у гетерозиготных организмов наблюдается эффект гетерозиса — увеличение жизнеспособности и плодовитости потомства в первом поколении. 2

Недостатки гетерозиготных организмов могут заключаться в том, что уже начиная со следующего поколения гетерозисные явления затухают, и поэтому получать семена от таких растений невыгодно. 2

Выбор между преимуществами и недостатками гомозиготных и гетерозиготных организмов зависит от конкретных целей селекции.