Преимущества сегрегационного анализа перед другими методами генетического исследования:

• позволяет определить, есть ли доказательства того, что основной ген лежит в основе распределения данного фенотипического признака; 4
• предоставляет доказательства того, наследуется ли соответствующий признак менделевским доминантным, рецессивным или кодоминантным образом. 4

Недостатки сегрегационного анализа:

• для него требуется только фенотипическая информация, а не генотипическая; 4
• метод может предоставить доказательства, но не может окончательно доказать, что признак находится под контролем одного гена; 4
• для анализа необходимо объединять различные семьи, что может приводить к влиянию таких факторов, как неточность диагноза и генетическая гетерогенность заболевания. 2