Преимущества конъюгации по сравнению с другими методами обмена генетической информацией у бактерий:

• Быстрое распространение изменённой генетической информации среди сходных бактерий. 2 Благодаря конъюгации каждая третья из близкородственных бактерий способна к этому типу генетического переноса. 2
• Возможность определить порядок расположения генов на хромосоме бактерий. 1 Основываясь на прерывании конъюгации через определённые промежутки времени, можно построить хромосомные карты бактерий. 1

Недостатки конъюгации:

• Однонаправленный перенос генетического материала от клетки-донора к клетке-реципиенту. 5
• Необходимость наличия двух типов клеток: доноров, обладающих F-фактором, и реципиентов, не обладающих им. 2
• Зависимость эффективности конъюгации от величины гомологии ДНК. 2 Перенос негомологичного хромосомного материала донора не приведёт к его интеграции с ДНК реципиента. 2