Преимущества цитогенетического метода исследования хромосом человека:

• возможность оценить численные изменения хромосом и структурные аномалии генома (хромосомные перестройки) в одном тесте; 1
• несложность в исполнении (не требует высококвалифицированного персонала); 1
• быстрота и дешевизна метода; 1
• высокоспецифичность (надёжно обнаруживает именно то, что исследуется, и ничего лишнего). 1

Недостатки цитогенетического метода:

• может пропустить тонкие хромосомные аномалии, размеры которых меньше предела разрешения светового микроскопа; 1
• в ряде случаев применение цитогенетического анализа метафазных хромосом бывает затруднено или невозможно (сложность культивирования клеток большинства соматических тканей). 2