Преимущества метода метилирования в биохимическом анализе:

• высокая эффективность разделения, низкий расход образцов и реагентов, короткое время анализа, простота подготовки образцов; 1
• возможность интегрировать данные между другими платформами, такими как экспрессия генов и профилирование микроРНК; 4
• охват паттернов метилирования по всему геному. 4

Некоторые недостатки метода метилирования в биохимическом анализе:

• ограничение по срокам и условиям хранения раствора фторида бора, который используется в одном из методов; 1
• способность кислотных катализаторов конвертировать плазмалогены, присутствующие в биологических образцах, в диметилацетали, которые могут затруднять хроматографическое разделение метиловых эфиров; 1
• неспособность некоторых реагентов метилировать свободные жирные кислоты. 1