Преимущества филогенетического подхода в современной систематике:

• Возможность объединять в общей системе таксонов отдалённые организмы на основании обоснованных суждений о генетическом родстве между ними. 2
• Использование фактов из разных отраслей биологии для филогенетических построений. 3 Например, гипотеза, построенная на чисто морфологических фактах, может натолкнуться на противоречие фактов биохимических. 3
• Составление перечня более мелких «видов» (популяций) в рамках филогенетического подхода может упростить их защиту. 4

Недостатки филогенетического подхода в современной систематике:

• Редукционный характер. 2 Филогенез сводится к последовательности кладистических событий, филогенетическое единство — к генетическому родству, организм — к нуклеотидным последовательностям, а из естественной системы исключается вся информация, относящаяся к эволюционной специфике групп. 2
• Недооценка значения степени и характера эволюционной дивергенции таксонов, их эволюционной специфики. 5
• Отсутствие точных количественных методов оценки филогенетического родства. 3 О близости и удалённости судят приблизительно, в оценках типа баллов. 3 При этом оценки, сделанные по результатам применения разных методов, непосредственно несопоставимы друг с другом. 3