Некоторые преимущества метода вестерн-блот:

• Высокая чувствительность. 13 Позволяет обнаруживать малые количества белков, подходит для анализа низкоэкспрессируемых белков и выявления тонких изменений в уровнях экспрессии белков. 1
• Специфичность. 1 Достигается за счёт сочетания гель-электрофореза и специфических взаимодействий антиген-антитело, обеспечивает селективное обнаружение целевых белков даже в сложных смесях. 1
• Универсальность. 1 Метод можно применять для различных анализов, таких как анализ экспрессии белков, взаимодействий белок-белок и посттрансляционных модификаций. 1
• Возможность хранения и повторного использования вестерн-блотов для последующего анализа или подтверждения результатов. 1

Некоторые недостатки метода вестерн-блот:

• Склонность к ложным или субъективным результатам. 34 Ложноположительный результат возникает, когда антитело реагирует с не предназначенным для этого белком, ложноотрицательный — если более крупным белкам не дать достаточно времени для правильной передачи на мембрану. 34
• Высокая стоимость. 12 Связана с дороговизной антител, специализированного оборудования и необходимостью в квалифицированном персонале. 1
• Трудоёмкость. 2 Метод требует много времени, так как включает несколько этапов, выполнение которых может занять несколько часов. 1
• Ограничение по количеству анализируемых белков. 1 Вестерн-блоттинг обычно позволяет обнаруживать только один или несколько целевых белков за один анализ. 1