Преимущества пермакультуры в аквакультуре:

• меньший расход энергии при органическом земледелии; 1
• урожайность экокультур ниже традиционных; 1
• значительно ниже общие затраты на производство за счёт экономии энергоносителей, гербицидов и пестицидов; 1
• стоимость экологической продукции выше на 20–30%. 1

Недостатки пермакультуры в аквакультуре:

• необходимость грамотного сочетания различных видов флоры и фауны в водной экосистеме; 12
• сложность в создании и поддержании самофункционирующей замкнутой системы производства сельскохозяйственной продукции. 1

Таким образом, преимущества пермакультуры заключаются в экологичности и эффективности метода, а недостатки — в необходимости учёта сложных процессов и необходимости специальных знаний и навыков для реализации этого подхода.