Преимущества метода сборки транскриптома de novo:

• Возможность изучения организмов, которые ещё не отсеквенированы. 12 De novo-сборку транскриптома таких организмов используют как первый этап в их изучении. 1
• Возможность обнаружения транскрибируемых участков, которые отсутствуют в геномной сборке, даже при наличии референсного генома. 12
• Отсутствие необходимости выравнивать последовательности и решать проблемы поиска или предсказания сайтов сплайсинга. 1

Недостатки метода сборки транскриптома de novo:

• Алгоритмическая сложность и вычислительная затратность процесса. 1
• Высокая чувствительность к ошибкам. 1
• Необходимость секвенирования большого количества органов и тканей в условиях различных стрессов для сборки транскриптома неизвестного организма. 12
• Высокая глубина секвенирования, которая нужна, чтобы детектировать даже низкоэкспрессирующиеся гены. 12