Преимущества использования рентгеновской кристаллографии для изучения структуры белков:

• возможность исследовать кристаллизованные белки и их комплексы с другими веществами; 4
• более точное, чем у других методов, определение взаимного расположения атомов в кристалле. 4

Недостатки:

• не все белки можно кристаллизовать; 4
• требуется много материала; 4
• чаще всего необходим синхротрон; 4
• структура белка в кристалле может быть не природной. 4

Также к недостаткам метода относят высокие затраты компьютерной памяти, необходимой для хранения отсортированных дифракционных данных, и проблемы с анализом суспензий, содержащих несколько кристаллических форм микрокристаллов. 3

Выбор метода зависит от конкретных задач и условий исследования.