Преимущества горизонтального переноса генов у прокариот заключаются в следующем:

• Увеличение генетического разнообразия микробной популяции или сообщества. 2 Это происходит за счёт перетасовки генов в «гибком геноме». 2
• Получение новых признаков. 2 Горизонтально перенесённые гены обычно выполняют функции, отличные от основных генов, и могут наделить реципиента новыми чертами, которые облегчают адаптацию к изменяющейся среде. 2
• Замена полового процесса. 1 Горизонтальный обмен генами может отчасти заменить бактериям половое размножение и повысить эффективность их адаптивной эволюции. 1

Например, горизонтальный перенос генов помог морским микробам адаптироваться к различным источникам углерода, бактериям — к экстремальным условиям, а кишечным микробным сообществам или патогенам — адаптироваться к хозяевам-людям. 2