Отличия в наследовании признаков, расположенных в разных группах сцепления, заключаются в том, что гены одной группы наследуются сцепленно, а гены разных групп — независимо. 1

Все гены одной хромосомы образуют группу сцепления и наследуются совместно. 12 Если гены располагаются близко друг к другу, то вероятность перекрёста хромосом мала и они могут долго оставаться в одной хромосоме, а потому будут передаваться по наследству вместе. 2 Если же расстояние между двумя генами на хромосоме велико, то существует большая доля вероятности, что они могут разойтись по разным гомологичным хромосомам. 2 В этом случае гены подчиняются закону независимого наследования. 2

Также при неполном сцеплении (когда гены анализируемых признаков располагаются на некотором расстоянии друг от друга) сцепление может нарушаться в результате кроссинговера, происходящего во время мейоза при образовании половых клеток. 2 Чем дальше друг от друга находятся гены в хромосоме, тем выше вероятность перекрёста между ними, тем больше процент гамет с перекомбинированными генами, а следовательно, и больше процент особей, отличных от родителей. 2