Отличия органогенеза у хордовых и бесхордовых животных заключаются в некоторых особенностях этого процесса:

• У хордовых животных на этапе органогенеза происходит закладка нервной трубки, хорды и кишечной трубки. 26 Вдоль верхней части зародыша часть эктодермы погружается в полость тела, образуя нервный желоб или гребень. 2 Края его замыкаются, отделяются от эктодермы и превращаются в нервную трубку. 2 Передняя часть её в дальнейшем разрастается и даёт начало головному мозгу, а остальная становится спинным мозгом. 2 Одновременно с верхней стороны энтодермальной трубки отделяется группа клеток, которые покрываются эластичной оболочкой из соединительной ткани и образуют хорду. 2 На её основе в дальнейшем формируется позвоночник. 2

• У бесхордовых животных, например губок и кишечнополостных, развитие прекращается на стадии двух зародышевых листков (гаструлы). 35 У всех остальных животных развитие продолжается, и образуется третий зародышевый листок — мезодерма. 5

Таким образом, у хордовых на этапе органогенеза происходит более сложная закладка и развитие некоторых органов, таких как нервная трубка и хорда, в то время как у бесхордовых животных развитие на этой стадии прекращается.