Отличия методов Бурри-Гинса и Циля-Нильсена для выявления капсул бактерий заключаются в их назначении и принципах работы.

Метод Бурри-Гинса используется для окраски капсульных бактерий и основан на том, что капсула не воспринимает красители. 28 Капсулу выявляют негативным контрастированием фона по Бурри: чёрную тушь смешивают с культурой и высушивают, после чего проводят фиксацию в пламени горелки, окрашивают тела микробных клеток водным фуксином и промывают водой. 28 В результате на тёмном фоне хорошо видна бесцветная капсула и красные тела микробов. 28

Метод Циля-Нильсена предназначен для дифференциации кислотоустойчивых бактерий от некислотоустойчивых. 28 В основе метода лежат разрыхление клеточной стенки бактерий для усиления поглощения красителя и избирательное обесцвечивание под действием кислоты. 10 Кислотоустойчивые микроорганизмы окрашиваются в рубиново-красный цвет, некислотоустойчивые — в сине-голубой. 8

Таким образом, метод Бурри-Гинса ориентирован на выявление капсул, а метод Циля-Нильсена — на дифференциацию определённых групп бактерий по их устойчивости к красителям и кислотам.