Некоторые отличия конъюгации от других методов горизонтального переноса генов:

• Способ транспортировки ДНК. 1 Конъюгация происходит при непосредственном контакте клеток-донора и реципиента или через мостик-подобное соединение. 2 Другие методы горизонтального переноса генов (трансформация и трансдукция) отличаются способом передачи ДНК: при трансформации она проникает из среды через клеточную оболочку, а при трансдукции — бактериофагом. 4
• Количество переносимой ДНК. 1 При конъюгации его больше, чем при трансформации и трансдукции. 1 В оптимальных для роста условиях скрещивания может переноситься вся хромосома. 1
• Перенос генетического материала. 2 При конъюгации донорная клетка переносит только часть своего генома в реципиентную, в результате чего возникает не полная, а частичная зигота — мерозигота. 2
• Направленность переноса. 5 Перенос хромосомных генов при конъюгации всегда имеет одинаковую направленность, противоположную встроенной плазмиде. 5 Сама трансмиссивная плазмида передаётся последней. 5