Некоторые особенности орфографического разбора иностранных заимствований:

• Корни-основы заимствованных слов (кроме слов славянского происхождения) неизменны и не разлагаются на морфемы. 1 Гласные и согласные корня нельзя проверить путём постановки их в сильную позицию (гласные — под ударение, согласные — перед гласной). 1
• Написание многих заимствованных слов находится за пределами правил, регулирующих русское правописание. 1 Такие слова называются «словарными», для их написания рекомендуется обращаться к словарю. 1
• Заимствованные существительные, которые кончаются на –ия или –ий, не относятся ни к одному из трёх известных русских склонений: эти слова не имеют падежного окончания –е, вместо него пишется –и. 1
• В корнях после шипящих и разделительного мягкого знака пишется О, но не Ё (мачо, крюшон, павильон). 1
• В корнях после Ц всегда пишется И, но не Ы (цифра, цилиндр, акция). 1
• После Ц в некоторых словах в безударной позиции пишется гласная О, а не Е (герцог, скерцо, палаццо). 1
• Возможна буква Ъ в корне (адъютант, инъекция, объект). 1 В языке-источнике эти слова имеют приставки (соотв. ад-, ин-, об-), которые в русском языке не идентифицируются из-за морфемной непроницаемости заимствованных слов. 1

Также при письменном освоении заимствований часто возникают такие проблемы, как употребление буквы «э», удвоенные согласные и слитные/дефисные написания. 4