Основные труды Алексея Яблокова включают более 450 научных работ, в том числе 24 монографии и учебники. 4

Направления научных исследований Яблокова касались биологии морских млекопитающих, популяционной и эволюционной биологии, экологии. 45 Он рассматривал следующие вопросы:

• изменчивость живых организмов; 2
• воздействие на биоту атомной индустрии, пестицидов; 2
• влияние внешних воздействий на стабильность развития живых организмов. 2

В соавторстве с Н. В. Тимофеевым-Ресовским и Н. Н. Воронцовым Яблоков написал учебник теории эволюции, который выдержал несколько изданий. 4

Направления общественно-политической деятельности Алексея Яблокова включали: 3

• экологическую политику; 3
• экологическую безопасность; 3
• охрану окружающей среды; 3
• государственное управление; 3
• гражданское общество; 3
• права человека. 3