Некоторые основные трудности при формировании естественнонаучной грамотности:

• Недостаточное количество часов, отведённых на уроки биологии в основной школе. 24 Этого времени обычно хватает только на освоение основной программы. 2
• Объёмные готовые задания. 24 Они могут быть слишком большими, чтобы их можно было полностью использовать на одном уроке. 24
• Недостаточная мотивация у школьников. 24 Ученики нередко не понимают, для чего им разбирать задания повышенной сложности, особенно если они не планируют получать высшее образование, связанное с естественными науками. 2
• Неумение работать с информацией. 1 Школьники не умеют сопоставлять разрозненные фрагменты, соотносить общее содержание с его конкретизацией, целенаправленно искать недостающую информацию. 1
• Неумение анализировать всю совокупность условий задачи. 1 Ученики не умеют привлекать для решения заданий информацию, не содержащуюся непосредственно в заданных условиях. 1
• Отсутствие навыков целостного, творческого анализа. 1 Школьники не обучены тому, как выдвигать гипотезы и проверять их. 1