Основные трудности подготовки бинарного урока:

• Теоретическая недостаточно разработанная технология. 13 Педагогам часто приходится действовать наобум и учиться на своих собственных ошибках. 1
• Длительная подготовка. 14 Бинарные уроки невозможно проводить часто, они требуют полной психологической и методической совместимости педагогов. 14
• Организационные сложности. 14 Нужно подстроиться под расписание учебного заведения и решить вопрос об оплате труда педагогов. 2
• Отсутствие чёткости в вопросе, по какому предмету выставлять оценку, полученную учащимся на этом занятии. 2

Также многие существующие программы имеют слабые межпредметные связи, и каждый предмет имеет свою логику построения содержания, отличную от других предметов, поэтому сложно реализовывать все вызывающие интерес темы. 35