В чем заключаются основные различия между сингармоническим и агармоническим строением языков?

Возможно, имелись в виду различия между сингармоническим и несингармоническим строением языков.

Сингармонизм — морфолого-фонетическое явление, которое заключается в единообразном оформлении слова как морфологической единицы. old.bigenc.ru В рамках одного слова гласные (иногда согласные) уподобляются по одному или нескольким фонетическим признакам, таким как ряд, подъём (открытость) или огубленность. ru.ruwiki.ru ru.wikipedia.org

Несингармоническое строение предполагает отсутствие таких закономерностей в языке. cheloveknauka.com

Некоторые различия между сингармоническим и несингармоническим строением языков:

• Законы построения звуковых цепей. cheloveknauka.com Для сингармонических языков характерны определённые законы чередований звуков, например, гласные переднего ряда могут сочетаться только с согласными губными или переднеязычными, а заднеязычные — только с гласными непереднего ряда. koi.tspu.ru В несингармонических языках могут быть другие законы, например, палатализованность и непалатализованность согласных определяется как в звуковой цепи, так и изолированно. cheloveknauka.com
• Распространение сингармонизма. old.bigenc.ru Многие сингармонические языки имеют отклонения от идеальной схемы, что проявляется в наличии нейтральных гласных, способных встречаться как в переднерядных, так и в заднерядных словах. old.bigenc.ru Сингармонизм часто не распространяется на префиксы и на сложные слова, в которых каждый компонент имеет свой сингармонический рисунок. old.bigenc.ru В несингармонических языках, например, в русском, не все виды чередований звуков обязательно несингармоничны. cheloveknauka.com

Таким образом, основные различия заключаются в разных законах построения звуковых цепей и в особенностях оформления слов.