Основные различия механизма и этапов транскрипции у прокариот и эукариот заключаются в следующем:

• Локализация. 1 У прокариот транскрипция происходит в цитоплазме, а у эукариот — в ядре. 1
• Количество РНК-полимераз. 1 В бактериях транскрипцию катализирует единственная РНК-полимераза, а клетки эукариот содержат как минимум три РНК-полимеразы. 2
• Модификация мРНК. 2 В бактериях мРНК после транскрипции никак не модифицируется, и непосредственно во время транскрипции может происходить трансляция. 2 В эукариотических клетках мРНК модифицируется в ядре — на неё навешивается 5'-кэп и синтезируется 3'-полиА-хвост, происходит сплайсинг. 25 Затем мРНК может попасть в цитоплазму, где будет происходить трансляция. 2
• Организация транскриптона. 10 У прокариот — полицистронный транскрипт, транскриптоном является оперон. 10 У эукариот — моноцистронный транскрипт, транскриптоном является ген. 10

Сходства механизма и этапов транскрипции у прокариот и эукариот заключаются в том, что и при прокариотической, и при эукариотической транскрипции для синтеза РНК ДНК функционирует в качестве матрицы, молекулы РНК образуются и им способствует фермент РНК-полимераза. 1