Основные различия между линейными и разветвлёнными полисахаридами заключаются в их строении:

• Линейные полисахариды имеют один невосстанавливающий и один восстанавливающий конец. 1 Особенность их структур — высокая регулярность: один сравнительно небольшой фрагмент структуры многократно повторяется на всём протяжении цепи, причём других структурных элементов в полисахариде не содержится. 2
• Разветвлённые полисахариды имеют только один восстанавливающий конец, тогда как число невосстанавливающих концевых моносахаридных остатков на 1 превышает число разветвлений. 1

Кроме того, линейные полисахариды обладают жёсткими вытянутыми молекулами (целлюлоза, хитин), образуют прочные упорядоченные надмолекулярные ассоциаты, в результате чего практически нерастворимы в воде. 1 Разветвлённые полисахариды, как правило, достаточно легко растворяются в воде, несмотря на высокие молекулярные массы. 1