Основные различия между кладистическим и фенетическим методами классификации заключаются в следующем:

1. Кладистический метод предполагает классификацию организмов на основе порядка их отделения от эволюционного дерева, учитывая родственные отношения между живыми организмами. 68 Связанные группы определяются по наличию набора уникальных особенностей (апоморфий), которые отсутствовали у отдалённых предков, но характерны для большинства или всех организмов в пределах группы. 47

2. Фенетический метод предполагает классификацию организмов на основе общего сходства, обычно в отношении морфологии или других наблюдаемых признаков, независимо от их филогении или эволюционного родства. 9 Организмы представляются суммой элементарных признаков, которым приписывается равный вес. 2 Достаточным основанием для классифицирования служит общее сходство — сумма всех «единичных сходств», получаемых по этим элементарным признакам. 2