Основные различия между электрофорезом в агарозном и полиакриламидном геле:

1. Материал геля: для агарозного геля используется агароза — полисахарид, получаемый из агар-агара. 1 Для полиакриламидного геля — акриламид и N,N'-метиленбисакриламид. 2
2. Разрешающая способность: агарозный гель обладает меньшей разрешающей способностью, чем полиакриламидный гель, но имеет больший диапазон разделения. 6 Полиакриламидный гель позволяет различать молекулы ДНК разных размеров с точностью до одного нуклеотида. 9
3. Разделение молекул: при электрофорезе в агарозном геле более крупные молекулы лучше растворяются при использовании геля низкой концентрации, а более мелкие молекулы лучше отделяются при использовании геля высокой концентрации. 6 В полиакриламидном геле разделение происходит за счёт различий заряда разделяемых молекул, отличий молекулярных масс, а также в зависимости от конфигурации молекул. 10