Некоторые основные проблемы в создании глобальной базы данных ископаемых организмов:

• Фактор ошибки и субъективности определения материала. 1 Результат анализа подобных баз данных точен только в первом приближении. 1
• Неопределённости, связанные с датировкой ископаемых и таксономической идентификацией. 2 Качество и полнота данных варьируются в зависимости от кладов и периодов времени. 2
• Отсутствие общей систематики органического мира. 1 Нет единой системы, которая бы удовлетворяла всех исследователей и отражала филогению всех групп. 1
• Недостаток узкоспециализированного софта для палеонтологов и эволюционных биологов, позволяющего быстро обрабатывать данные. 1

Для решения этих проблем необходимо постоянный ввод новых данных, критическая оценка существующих точек данных, а также использование аналитических подходов, учитывающих неполноту и искажения летописи окаменелостей. 2