Некоторые основные проблемы регионоведения как прикладной науки и учебной дисциплины:

• рациональное размещение объектов социально-экономического комплекса; 2
• межрегиональное взаимодействие; 2
• взаимодействие регионов и Центра; 2
• формирование и функционирование социально-экономического комплекса региона; 2
• региональное управление в условиях федерализма. 2

Также к проблемам регионоведения относят:

• Отсутствие чёткого категориально-понятийного аппарата. 1 Наблюдается путаница в родственных терминах. 1
• Слабое влияние теоретико-методологических вопросов на учебную практику. 4 Пересечение различных предметных полей, как правило, не предусматривается программами курсов. 4
• Проблему установления междисциплинарных связей в практике преподавания учебных дисциплин и внедрения результатов исследований в учебные программы. 4