Некоторые преимущества электронной микроскопии перед оптической:

• Более высокое разрешение и увеличение. 2 Электронные микроскопы позволяют исследовать структуры на молекулярном и атомном уровне. 2 Максимальное увеличение может достигать нескольких миллионов раз. 3
• Возможность изучать химический состав образца. 1 Для этого используется спектральный анализ рентгеновского излучения, которое возбуждается электромагнитным потоком. 1
• Возможность дополнительного воздействия на объект. 1 В ходе исследования образец можно нагревать, облучать, деформировать, намагничивать. 1
• Возможность фото- и видеофиксации происходящего. 1 Изображения увеличенных образцов можно сохранять на компьютере или мобильном устройстве. 4
• Возможность исследовать объекты в нанометровом диапазоне. 2 Это даёт возможность обнаруживать объекты, недоступные для оптических методов исследования. 2

Однако у электронной микроскопии есть и недостатки: для её работы требуется вакуум, подготовка образца и получение изображения занимают больше времени, чем у оптического микроскопа, и существует риск утечки радиации. 5