Основные преимущества метода меченых атомов:

• позволяет наблюдать перемещение атомов или молекул, изучать химические реакции и определять образующиеся продукты; 5
• даёт возможность понять механизмы реакций и процессов, которые происходят в исследуемой системе; 2
• помогает однозначно определять последовательность метаболических реакций без необходимости выделения промежуточных продуктов. 4

Некоторые недостатки метода меченых атомов:

• трудно получить объёмную картину; 1
• нельзя проводить такие исследования часто. 1

Также к недостаткам можно отнести возможные ограничения при использовании радиоактивных изотопов, например, невозможность часто проводить исследования и трудности с получением объёмной картины. 1

Однако использование спин-поляризованных ядер инертных газов позволяет снять объёмную картину, поэтому технологии изотопных индикаторов развиваются и постепенно уходят от простейших радиоактивных решений. 1