Основные преимущества виртуального моделирования молекул перед физическими моделями:

• Меньшая сложность в описании систем. 1 Это позволяет рассматривать большее число частиц при расчётах. 1
• Возможность представить в наглядной форме объекты и процессы, недоступные для непосредственного восприятия. 1 Например, очень большие или очень маленькие объекты, очень быстрые или очень медленные процессы. 1
• Лучшее усвоение материала. 3 Использование компьютерных моделей позволяет раскрыть существенные связи изучаемого объекта, глубже выявить его закономерности, что ведёт к лучшему усвоению материала. 3
• Возможность исследовать явление, изменяя параметры, сравнивать полученные результаты, анализировать их и делать выводы. 3
• Компьютерная визуализация может быть дешевле реального создания натуральных моделей. 5